Channel 4 hävdar att det pressades av tjänstemän på Nadine Doris kulturavdelning att ändra sin årsredovisning eftersom den inte speglade fördelarna med privatisering.
VD Alex Mahon sa att förra årets resultatrapport försenades på grund av oenighet med Department of Digital, Culture, Media and Sport (DCMS) angående sändningsnätverkets framtida styrka.
DCMS beskrev en annan åsikt om stationens hållbarhet Affärsmodell finansierad med reklam Jämfört med revisorerna och styrelsen, tillade Mahon.
Som svar på frågor från kulturutskottet sa Mahon att en fullständig kopia av årsrapporten skickades till DCMS den 23 maj, men försenades eftersom det fanns frågor om huruvida Channel 4:s formulering överensstämde med regeringens policy.
“Det är rimligt att säga att DCMS har gjort några kommentarer som de skulle vilja se i rapporten, särskilt angående vår framtida finansiella hållbarhet”, sa hon.
“De har nu kommit överens om att rapporten kan överlämnas till riksdagen i normal ordning utan ändringar. Jag tror att det är första gången några justeringar har begärts. Jag tycker att han borde komma till kommittén nästa vecka.”
På frågan om hon någonsin hade hört talas om att regeringen försökte ändra Channel 4-rapporten, tillade Mahon: “Detta är första gången så vitt jag vet på 40 år som det finns frågor om årsredovisningen.”
Mahon sa i maj att det inte fanns “inga bevis” för att sändaren skulle misslyckas i framtiden, eftersom han först registrerade intäkter på mer än 1 miljard pund.
Det hävdade dock kultursekreteraren Nadine Doris Försäljning till supporter med djupa fickor Kommer att sända de bästa verktygen för att frodas i framtiden mitt i det pågående hotet från amerikanska streamers.
Tillfrågad av utskottets ordförande Julian Knight om Channel 4 hade “spelat för mycket” genom att lobba för mycket för parlamentsledamöter och “höja” inför privatiseringsbeslutet, sa Mahon att hon ville att debatten om försäljningen av sändningen skulle förbli grundad på fakta.
Hon tillade också att Channel 4 snart kommer att släppa ett uttalande som kommer att motbevisa påståenden från kulturministern om att stationen använde betalda skådespelare i dokusåpan The Tower Block of Commons 2010.
Doris berättade för medlemmar i kulturutskottets parlamentsledamöter i maj att hon åt lunch med föräldrar till två pojkar i programmet, som sa att de “gick i skådespelarskolan” och “de var inte riktiga.”
Kulturministern var bland parlamentsledamöter som lämnade Westminsters livsstil bakom sig för att bo i ett rådstornkvarter i ett av de svagaste områdena i Storbritannien.
Som svar till parlamentsledamöter sa Mahon att stationen slutförde utredningen och talade direkt med Doris om hennes påståenden.
“Från det jag har sett hittills finns det inga bevis som tyder på förfalskning, men jag kommer att rapportera till dig ordentligt under de kommande dagarna”, tillade hon.
En DCMS-talesman sa att förslagen togs upp “under den vanliga diskussionen” och sa: “Som ägare av Channel 4 har regeringen full rätt att kommentera innehållet i dess årsrapport.
“Ett särskilt språk i rapporten kan tolkas som i strid med företagets åtagande, som getts både till tjänstemän och ministrar, att avstå från att kämpa mot privatisering.”